Voldemort et ses Mangemorts sèment de plus en plus le chaos à travers le pays, tant chez les Moldus que chez les sorciers. Rufus Scrimgeour a remplacé Cornelius Fudge au poste de Ministre de la Magie, et tente de montrer qu'il combat efficacement le Seigneur des Ténèbres. Mais Voldemort a d'autres plans en tête, et il confie une mission à Drago Malefoy. Sa mère convainc Rogue de faire le Serment Inviolable afin de le protéger.
À Poudlard, Rogue est le nouveau professeur de Défense contre les Forces du Mal, et Horace Slughorn assure les cours de Potions. Harry récupère l'ancien livre de Potions du "Prince de Sang-Mêlé". Les annotations du Prince lui permettent de devenir le premier de sa classe en Potions, au grand dam d'Hermione. Après un match de Quidditch, Harry sort avec Ginny Weasley. Ron sort avec Lavande Brown, mais est en réalité attiré par Hermione. Il se rapproche de celle-ci après sa rupture avec Lavande.
Harry commence aussi à prendre des leçons particulières avec Dumbledore, au cours desquelles il apprend le passé de Voldemort. Ensemble, Dumbledore et Harry découvrent que Voldemort a créé six Horcruxes, lui permettant de conserver son âme dans différents objets. Pour pouvoir le tuer, il faudra détruire tous les Horcruxes. Deux ont déjà été détruits: le journal intime de Tom Jedusor, et la bague de Marvolo Gaunt. Harry et Dumbledore partent à la recherche d'un troisième Horcruxe, le médaillon de Serpentard. Dumbledore en sort très affaibli. À leur retour à Poudlard, ils découvrent que l'école a été prise d'assaut par des Mangemorts. Drago Malefoy tente de tuer Dumbledore, mais n'en a pas le courage. Finalement, Rogue assassine le directeur devant les yeux de Harry. En s'enfuyant, Rogue révèle qu'il est le Prince de Sang-Mêlé.
Harry découvre que le médaillon rapporté par Dumbledore est une réplique, déposée par le mystérieux R. A. B.. L'identité de ce personnage fait l'objet de suppositions et de de rumeurs. Selon certain, R. A. B. serait Regulus Black, frère de Sirius Black, actuellement décédé. Après l'enterrement de Dumbledore, il prend la décision de ne pas revenir à Poudlard, et de partir à la recherche des autres Horcruxes. Il rompt avec Ginny, ne voulant pas la mettre en danger, mais est heureux de bénéficier du soutien de ses amis.